Javaアプリケーションサーバに関する世界観です。Javaの世界観B（サーブレット）も参照のこと。
アプリケーションサーバとは、Javaのサーブレット（サーバーサイドのWebサービスで動くJavaアプリケーション）を動かすために必要なミドルウェアのこと。
主なアプリケーションサーバとして、Tomcat, JBoss, GlassFish, WebSphereなどがある。これらはWebコンテナやサーブレットコンテナとも呼ばれる。
それぞれのサーバの比較については以下の記事が参考になる。
Javaサーブレット（あるいはJSP）を実行するためのサーブレットコンテナエンジン。
オープンソースでスタンダードなサーバーとして知られる。
TomcatだけでWeb・APの両方のサーバーを構成することも、Apacheと組み合わせて構成することもできる。
Apacheも参照のこと。
Wikipedia
ソースコード
ApacheによるJavaアプリケーションサーバ。コンポーネント指向で、サーブレットコンテナにはTomcatを採用し、EJBコンテナなどは各コンポーネントが担当する。
Red HatによるオープンソースのJava EEアプリケーションサーバ。Tomcatより高機能で、EJBコンテナとしても動作する。
商用版の名前はJBossで、オープンソース版の名前はWildFly。Red HatのLinuxディストリビューションのRHELとFedoraと似た関係を模索している。
Red HatやFedoraやJavaBeansも参照のこと。
100%Javaによる、軽量なサーバー。オープンソース。
Sun（現在はOracle）によるオープンソースのサーバー。
後日注記：Java EEのSDKにはGlassFishが付属されています。
Oracleの商用サーバー。Oracleも参照のこと。
IBMのJava EEアプリケーションサーバ。メインフレームからWindowsまでを網羅する高いスケーラビリティが特徴。メインフレームを参照のこと。
JakartaはApache Software Foundationの中のJavaサーバーサイド関連のオープンソースプロジェクトのための関連プロジェクト群。
主な製品はTomcat（サーブレットコンテナ）、Ant（ビルドツール）、Struts（Webフレームワーク）、JSTL（JSPタグライブラリ）など。他にも、数多くのツールを開発・提供していた。
しかしながら、2011年に全てのプロジェクトがJakartaから卒業し、Jakartaは廃止になった。
Apache、Struts、Javaビルドツールも参照のこと。
サンを吸収合併したオラクルがJava EEをオープンソース化してEclipse財団に寄贈することが発表され、名前もJakarta EEへと変更になった。