Cygwinに関する世界観です。
Windowsで動くUNIX互換環境。ただしソフトウェアの動作にはCygwin1.dllが必要。
ソースコード
GNUのC/C++コンパイラをWindowsに対応させたもの。僕としては、EclipseのCDT（C/C++開発ツール）をインストールするのがお勧めです。
Windows APIのためのヘッダファイルを含んでいるため、Windowsアプリケーションの開発のために使える、と言うことらしいが、本当にきちんと動くかは怪しいところ。
Eclipseも参照のこと。
Cygwin/XはCygwin環境上で動くX11。X11設定とプログラミングを参照のこと。
GCCはGNUによるコンパイラ。MinGWと言うWindows版もある。
MSYSはWindows上で動作するBashやUNIXユーティリティ。MinGWを補う目的で作られた。
GNUツールチェインも参照のこと。
MinGWを使うのも良いが、WindowsでUNIX環境を構築できるCygwinを使うという手もある。この場合、ランタイムライブラリのCygwin1.dllを開発したプログラムに同梱する必要がある。
WindowsでUNIXのコマンドとシェルが使えます。