rootkitに関する世界観です。
Linuxでセキュリティを向上させるなら、rootkit（システムに侵入を許すツール）を定期的にチェックしましょう。chkrootkitをインストールすることで可能です。
サーバーのセキュリティ管理については、ログ機構と監視機構を上手く使って不正なネットワーク通信がないかを確認しながら、chkrootkitを早い段階で導入して、定期的にrootkitのチェックをしよう。
以下のブログ記事に、chkrootkit, rkhunter, maldetectについての解説があります。
以下のページが参考になります。