ClamAVに関する世界観です。
Linuxでもアンチウィルスソフトウェアを導入したいなら、ClamAVがある。
Linuxのウィルス対策については、以下のサイトが参考になるかもしれない。
ClamAVでスキャンを行う場合、clamscanとclamdscanという二つのコマンドがあります。このうち、clamdscanはClamAVがデーモンとして常駐してスキャンするため、リソースを常に消費する代わり、clamscanと比べてスキャンの処理速度が極めて速いです。clamdscanを使うことをおすすめします。
また、cronにスクリプトを加えることで毎日定期的にスキャンができます。このスクリプトの例はさまざまなサイトにサンプルがあるため、ネットで検索してください。
また、若干作りが甘いですがClamAVをGUI操作することのできるclamtkというパッケージがあり、ここから毎日スキャンするスケジュールも設定できます。サーバーでなくデスクトップ用途ならこれの利用が手軽でしょう。